IAIN Sultan Amai Gorontalo merupakan satu satunya lembaga Pendidikan Tinggi Agama Islam kelanjutan dari pendidikan Islam tingkat menengah ataupun pesantren yang ada di Gorontalo. Dalam perjalanan sejarahnya, IAIN Sultan Amai Gorontalo menjadi jalan bagi santri untuk menapaki dunia modern, sebagai pelopor mobilitas sosial dan pemberi manfaat besar para santri dan pemuda Islam yang kebanyakan berasal dari desa di seluruh Indonesia. Hal ini terlihat dari kiprah alumninya yang tidak hanya berkecimpung di Kementerian Agama, namun juga mampu memainkan peran yang signifikan di berbagai institusi baik pemerintah maupun swasta khususnya di daerah Gorontalo.
Keberadaan perguruan tinggi IAIN Sultan Amai Gorontalo telah menjadi sumber motivasi dan inspirasi bagi pengembangan Pendidikan Tinggi Agama Islam, rujukan bagi pengembangan studi Islam dan barometer bagi berbagai kalangan baik nasional maupun internasional dalam menjawab masalah isu-isu agama dan keislaman selama ini. Selain itu, IAIN Sultan Amai Gorontalo bersama Perguruan Tinggi Agama Islam lainnya juga menjadi instrumen pemerintah dalam menyapa umat Islam yang secara politik dan ekonomi termarjinalkan.
Dalam upaya melakukan akselerasi terhadap integrasi keilmuan islam serta membentuk karakter- karakter mahasiswa yang rabbaniyun, IAIN Sultan Amai Gorontalo mempersiapkan Ma’had sebagai lembaga pendidikan non-formal atau Unit Pelaksana Tugas yang mampu berperan sebagai unit pelayanan bagi mahasiswa dalam mendukung ke arah terwujudnya visi dan misi IAIN Sultan Amai Gorontalo.
Ma’had IAIN Sultan Amai Gorontalo diberi nama sebaga Ma’had Al-Jami’ah yang diresmikan oleh Rektor IAIN Sultan Amai Gorontalo, pada tahun 2011 di gedung baru Ma’had di Kampus I RUSUNAWA Jln. Gelatik No. I Kota Gorontalo, dihadiri oleh Pejabat Rektorat para Wakil Rektor, Kepala Biro, para Dekan Fakultas, para Pembantu Dekan Fakultas IAIN Sultan Amai Gorontalo, para Dewan Senat IAIN, pejabat pemerintah setempat dan tokoh masyarakat setempat. Kesempatan pertama kalinya Rektor menetapkan Drs. H. Budiono, M. Ec. Dev., sebagai Mudir Ma’had dan Muhammad Zainul Arifin, M.Pd.I., sebagai sekretaris Ma’had al-Jami’ah. Mudir dan Wakil Mudir dikukuhkan pada saat peresmian Ma’had IAIN Sultan Amai Gorontalo. Selanjutnya, pada tahun 2015, terjadi perubahan kembali jabatan Mudir Ma’had. Adapun yang menjabat sebagai Mudir Ma’had adalah H. Dulsukmi Kasim Lc. M.HI dan Bapak Muhammad Zainul Arifin, M.Pd.I sebagai Wakil Mudir Ma’had. Setelah itu pada tahun 2016 sesuai keputusan rektor yang menjabat sebagai mudir Ma’had adalah Bapak Rulijanto Podungge Lc, M.HI, kemudian pada tahun 2017 sesuai dengan keputusan Rektor yang menjabat sebagai Mudir Ma’had adalah Syahril Djaafara, Lc, M.Si dan pada periode November 2018 sesuai keputusan rektor yang menjabat Mudir Ma’had Bapak Dr. H. Dulsukmi Kasim, Lc, M.HI dan Bapak Abdul Kadir Ismail, S.Pd M.Hum sebagai Sekretaris Ma’had sampai dengan sekarang. Selanjutnya, Ma’had Al-Jami’ah dihuni oleh mahasantri/wati yang dominan dari beberapa luar daerah yang menjadi prioritas. Selain itu mahasantri Ma’had Al- Jami’ah IAIN Sultan Amai Gorontalo, mendapatkan pembinaan secara intensif dari Mudir, Wakil Mudir, para Dosen Pembina, para Musyrif dan Musyirafah, dalam pembinaan kepribadian, pengembangan skill Bahasa Arab, Bahasa Inggris, ilmu Al-Qur’an, Fiqih Ibadah, pengembangan wawasan keislaman dan pengembangan skill organissasi kepemimpinan. Adapun Makhtab yang ada di Ma’had Al-Jami’ah adalah:
- Mahasantri RUSUNAWA : Maskan Fatimah Kampus I
- Maktab Ali berubah menjadi : Maskan Ali bin Abi Thalib Kampus II
- Maktab Aisyah : Maskan Aisyah Kampus II
- Maktab Khadijah : Maskan Khadijah Kampus II
